从公元前221年，秦始皇统一中国，实行郡县制，建立吴县算起，则有二千多年历史。秦初，吴县地域广大，包括现在的常熟、吴江、嘉兴等地在内。秦之后，吴县的地域、辖属屡有变化。至东汉末年，吴地属孙权割据地。晋武帝灭孙皓，分天下为十九州，吴属扬州。晋太康四年（283）县境北部析置海虞县（今常熟市）。宋、齐、梁、陈四代吴县均为吴郡。梁代侯景之乱时，吴郡一度还曾被称为吴州，后吴州、吴郡、吴县治所同驻一城。隋开皇九年（589）改吴州为苏州。十一年（591）吴县县治迁徙至横山（今新郭镇）。唐武周万岁通天元年（696）析吴县东部地置长洲县，两县分境合城而治。北宋太平兴国三年（978），吴、长洲两县均属浙江西路。清雍正二年（1724），划长洲县东南部建立元和县，与吴县、长洲县合城而治。后又划吴县东山、西山建太湖、靖湖两厅。至1912年，复并三县两厅为吴县。1928年，划吴县城区设苏州市，1930年撤销市建置，辖区复归吴县。
1949年4月27日，吴县解放，市、县分设，析城区和郊区置苏州市，周围乡村为吴县，东山、西山及太湖湖区划建太湖行政办事处。1953年5月，苏南人民行政公署太湖办事处改建震泽县。1959年撤销震泽县，复并入吴县，隶属苏州专员公署（1960年1月7日，国务院批准撤销震泽县，并入吴县）。 解放后的吴县，没有另建县城，全县的党政机关驻于苏州市区。为了适应改革开放的需要，1984年开始，吴县在离苏州市中心约3千米的城南开辟总面积为20平方千米的新城区。1989年8月，吴县机关迁入新城区。1995年6月8日，国务院批准，撤销吴县，设立吴县市，以原吴县行政区域为吴县市区域，市人民政府驻长桥镇。2001年2月28日，撤销吴县市，分设苏州市吴中区、相城区。
