苗木免税需要办理的手续如下：
税务登记
纳税人首先需要在所在地的国家税务局办理税务登记。
免税备案
自行种植的绿化苗木和花卉免征增值税，但需要先去税务局做免税备案。
备案时可能需要提供《增值税备案类减免税登记表》及有关部门出具的证明材料，如资格认证、登记证书、产品质量技术检测合格报告等。
发票申请
办理免税手续的同时，纳税人可以申请购买发票。
销售免征增值税的苗木时，通过税控发票系统开具发票时，应在发票的“增值税税率”或“征收率”栏选填0。
分别核算
纳税人如果兼营免税和减税项目，应当分别核算免税项目的销售额；未分别核算销售额的，不得免税或减税。
审核与备案
从事苗木种植销售的纳税人需要先报主管国税机关审核备案。
免税证明
免税证明通常由税务局开具，而不是由公司自己开具。
建议：
具体手续可能因地区而异，建议在办理前咨询当地税务局以获取详细指导和确保顺利办理免税手续。
