补发工资的扣税方法遵循以下步骤和原则：
合并计算
补发的工资应合并到原工资薪金所得中，计算个人所得税。
如果补发的工资是以前月份的工资，则应分摊回所属月份，与原来的工资合并计算应缴个人所得税。
费用扣除
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》，工资薪金所得在计算应纳税所得额时，可以减除每月5000元的费用。
税率和速算扣除数
根据合并后的工资薪金所得计算应纳税额，应用适用的税率和速算扣除数。
申报和缴纳
补发工资的税款应在发放的次月十五日之前申报并缴纳。
如果是因劳动仲裁或法院判决而补发工资，需要更正之前税款所属期的申报。
法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》规定了工资薪金所得的计征方法和扣缴义务人的职责。
请根据上述步骤和原则，结合实际情况计算应补缴的个人所得税。
